A Yamaha resolveu, após quatro anos, relançar a série especial Limited Edition com 5000 unidades e nada mais. A motocicleta vem somente na cor negra e os decalques e detalhes são dourados no melhor estilo "John Player Special" do saudoso Senna. Responsável por inaugurar a família de motocicletas "verdes" de 250 cm³ da marca que segundo ela são: modelos que utilizam injeção eletrônica de combustível, catalisador e Sistema de Indução a Ar (Air Induction System). Essas soluções diminuem as emissões de poluentes, mas a Yamaha não divulgou os números e nem a quantidade reduzida em relação ao modelo anterior.
O farol ganha aro negro fosco e os piscas recebem lentes brancas. Outros destaques são: o pára-lama, o garfo e as aletas (entrada de ar) na tonalidade negra.As suspensões dianteira (onde fica acomodadas as barras) e traseira (braço oscilante) também receberam acabamento em preto, conferindo um visual arrojado e equilibrado.
Outro item que seguiu a tendência do restante da motocicleta nessa série especial foi o escapamento e o protetor antiqueimadura. 
O assento da Fazer YS250 comporta confortavelmente duas pessoas, para a Limited Edition ele ganhou textura e uma costura, separando o espaço entre o piloto e o garupa. 
O novo grafismo do painel, em fundo branco, é diferenciado da primeira edição. Todo o conjunto é composto por dois mostradores análogos (velocímetro e conta-giros mais as luzes espias) e um display em cristal líquido que contém: hodômetro total e dois parciais (trip1 e trip2), hodômetro do combustível (f-trip), marcador do nível de combustível digital e relógio.
As rodas de liga leve na edição limitada ganharam um detalhe exclusivo. Uma faixa em dourado no aro, próxima ao pneu.
O motor, monocilíndrico de quatro tempos, de 249 cc, desenvolve 21 cv de potência a 8.000 rpm e 2,10 kgf.m a 6.500 rpm recebeu a pintura em preto. Assim como a versão normal da linha, o pistão é forjado e o cilindro conta com revestimento de cerâmica dispersiva de calor. 
Nas laterais, junto ao assento, o logotipo "Limited Edition" em dourado combina com a lanterna composta por lentes de cristal. Outros detalhes gráficos são: o bocal do tanque de combustível com os dizeres "YS 250" e as abas com o nome Fazer.
